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【招募】FFPE样本空间转录组招募合作课题

FFPE样本空间转录组合作课题招募,申请者自主提出科知识题,负责相关试验费用,本企业免费提供FFPE样本空间转录组测序实验平台及数据分析的技术支撑。合作成果第一单位(通讯编辑)归属申请者及其所在单位,其他编辑按照各自的贡献由双方协商决定。(限48个样本)

 

FFPE空间转录组结合了组织学技术的优点和FFPE样品高通量测序技术,在人和小鼠的FFPE样品中,可以在高分辨率水平对整个组织切片超过18000个基因表达进行分析。通过对FFPE组织样本的转录组测序分析,可以检测任意通路中的任何基因、解决组织异质性并揭示形态学背景下空间组织的细胞类型和状态。此外,通过与免疫荧光技术(IF)相结合,可在同一时间可视化蛋白和基因的表达信息。

 

从FFPE样品中获得形态学背景下高分辨率的基因表达信息


实验流程

首先将FFPE组织切片放置在Visium基因表达芯片上,进行组织学成像(形态学背景的H&E染色或使用IF技术对蛋白共检测)。然后,用RTL探针集在组织中靶向杂交和连接,并用RNase酶处理和透化,与芯片上的捕获探针结合延伸。最后,进行建库测序和数据分析及可视化。

 

独特的RTL探针设计

Visium for FFPE阵列利用RNA模板连接技术(RTL),首先针对编码蛋白转录组基因设计特异性探针对,然后将探针对与组织内的靶标基因进行杂交,杂交后探针对互相连接。随后进行组织透化来释放组织中已连接在一起的探针对,并与芯片上的捕获探针结合,从而捕获到基因的表达信息。

 

针对整个FFPE组织切片测序分析的工作流程。A.实验流程概述。B. RTL探针集捕获转录组原理

 

 FFPE空间转录组技术优势

使用RNA模板连接(RTL)探针集确保高灵敏度和特异性,获得高可信度的基因检测结果。

重新使用已保存的或生物库中的样品来发现生物标记物,或进行回顾和追踪研究来确认一定时间范围内的生物学过程。

可以研究整个FFPE切片,消除与预定义感兴趣区域相关的分析限制,不会错过重要的生物学信息。

与免疫荧光技术结合可视化蛋白与基因的表达,或结合H&E染色用于形态学研究。

 

更多详情可咨询区域销售经理,致电400-100-2131,邮箱marketing@shbiochip.com