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2021 SBC 单细胞多组学技术与前沿应用分论坛成功举办

 

7月29日-30日,“2021‘芯’医学高峰论坛-单细胞多组学技术与前沿应用分论坛”暨“SBC单细胞及空间转录组测序策略研究与生信分析培训班”在十大网赌信誉平台-赌博正规十大网站(生物芯片上海国家工程研究中心)成功举办,论坛由十大网赌信誉平台-赌博正规十大网站(生物芯片上海国家工程研究中心)主办,上海市生物医药行业协会、上海市生物化学与分子生物学学会协办,来自全国各地近百位师生参加了本次会议。会议特邀专家围绕单细胞组学技术的前沿进展,在科学研究和临床医学方向的最新应用,样品制备和数据分析重难点与参会者进行了热烈的交流与讨论。

 

会议伊始,由十大网赌信誉平台-赌博正规十大网站常务副总经理,生物芯片上海国家工程研究中心专职副主任韩峻松博士主持并致欢迎词。韩总表示很荣幸在企业(中心)成立二十周年举办“2021’芯’医学高峰论坛”之际,特设“单细胞多组学技术与前沿应用分论坛”,邀请到行业内重点高校及知名医院的专家来到现场进行分享和交流。同时向参会嘉宾及学员先容SBC的发展历程和技术平台情况,并表示企业(中心)始终关注行业前沿生物技术发展,搭建先进技术平台开展科研项目的同时,肩负着国家工程研究中心的使命和担当,充分发挥技术交流合作的平台作用。衷心希翼与生物医药领域的科研工编辑们紧密合作,提高学术研究水平,实现科研成果转化,助力国家科技发展。

 

十大网赌信誉平台-赌博正规十大网站常务副总经理,生物芯片上海国家工程中心专职副主任  韩峻松博士


在接下来的报告环节,报告嘉宾分享了各自的研究思路和最新的研究进展。

 

复旦大学附属儿科医院副主任医师,副研究员董瑞博士带来了题为“单细胞测序与儿童疾病”的精彩报告。神经母细胞瘤是儿童中常见的癌症,因其治疗难度大,被称为“儿童癌王”。利用单细胞测序技术解析儿童神经母细胞瘤的单细胞图谱,加深对神经母细胞瘤的理解,为深入了解神经母细胞瘤的发病机制提供新的视角,为未来临床治疗的方案打开新的思路。



复旦大学附属儿科医院副主任医师,副研究员 董瑞博士


中科院高级工程师缪祥博士以“流式细胞分选与单细胞测序”为题,结合多年从事流式细胞技术平台工作的经验,为大家带来了生动的报告。测序结果的好坏关键在于样本处理,样本处理不好很难得到漂亮的数据, 缪祥博士从多角度透彻地解析流式细胞分选与单细胞测序技术在样本处理实验操作过程中所遇到的问题及解决办法,引发现场学者的共鸣,反响热烈。

 

中科院高级工程师 缪祥 医学博士


上海交通大学副研究员邹欣博士带来题为“scKinetics:基于单个细胞动态建模新算法的隐藏信息挖掘”的精彩报告。报告从数据分析的角度对单细胞技术进行全方位的解析和经验分享,从信息挖掘维度为解决单细胞组学应用难题提供又一思路。



上海交通大学副研究员 邹欣博士


中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈洛南研究员课题组左春满博士题为“Single-cell RNA-Sequencing Atlas Reveals an MDK-Dependent Immunosuppressive  Environment in ErbB Pathway-Mutated Gallbladder Cancer”的报告,采用单细胞测序技术来揭示胆囊癌患者的转录组异质性和细胞间串扰。提出通过单细胞组学技术,有助于胆囊癌研究进展。



中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈洛南研究员课题组 左春满博士后


中国科学院大学重庆学院助理研究员李海玉博士报告题为“基于单细胞测序探讨AIDS免疫重建不良发生机制”,揭示了单细胞测序技术在AIDS免疫重建不良发生机制中所起到的关键作用。

 


中国科学院大学重庆学院助理研究员 李海玉博士

 

报告结束后,由SBC具有十余年经验的技术服务团队讲解单细胞测序和空间转录组测序技术原理、前沿应用和数据分析方法等。

 

十大网赌信誉平台-赌博正规十大网站服务平台部总监 张晓娜

 

空间转录组测序及研究运用

主要围绕着什么是空间转录组学、特点及优势、实验流程、主要运用方向以及对生命科学研究带来的深远影响展开讲述。以空间转录组测序技术在国际一流期刊发表的高分文章为例,先容其在肿瘤研究等重点领域的应用,并对可视化结果进行详细分析,对比不同实验设计和技术方案的优劣,讲解其在肿瘤研究等重点问题中的应用方式、注意事项和研究思路。最后先容SBC推出的单细胞和空间转录组研究“一站式解决方案”,旨在为客户提供专业、便捷、全面的服务。

 

SBC服务平台部产品经理 蒋敏

 

单细胞转录组数据分析

先容单细胞转录组测序的实验过程及原理,并对比不同测序方案的优缺点;然后以10x Genomic平台为例,详细讲解单细胞转录组数据分析的方法、流程和主要操作App,包括单细胞表达定量AppCell Ranger和可视化自定义AppLoupe Browser;如何通过Cell RangerApp实现从碱基识别、定量表达矩阵的聚类、可视化和差异分析、数据处理到最终结果可视化分析;以及Loupe Browser在寻找显著基因、探索细胞亚型方面的应用,最后结合App的实操,让大家动手学习并探索更多的功能。

 

 

SBC服务平台部资深生信分析工程师 曹群发

 

空间转录组测序的基本原理和数据分析先容

对空间转录组的数据分析方法,从数据的预处理到可视化图形与基因表达相结合,到最终的空间基因表达分析进行了详细先容。主要涉及到ScanpyApp包在数据处理中的应用、Space Ranger和Seurat的应用。实操Space Ranger在图像处理算法、输出结果的解读、以及最终表达值计算的方法。Seurat则主要讲解分析空间转录组数据、与单细胞数据结合,到最终实现多个切片数据分析。以及利用SingleR、CellAssign等方法进行单细胞注释,单细胞注释数据库的整理和方法的比较等细节处理。通过现场演示,分析如何通过Space Ranger、图形处理、Seurat 空间转录组的数据的分析,实现最终的空间与单细胞数据关联分析多个样本比较分析。

 

SBC服务平台部资深生信分析工程师 李慧莉


部分参会嘉宾合照

 

SBC中心实验室参观